Os séculos XIV e XV, com a fixação do Papado em Avinhão por quase um século e com o Cisma do Ocidente (1378-1417), com a divisão das obediências entre dois (Em determinada altura três) papas, não só acentua o sentido da urgência da reforma da Igreja “na sua cabeça e nos seus membros” como faz multiplicar as vozes de contestação a toda a arquitectura ideológica que assenta na autoridade incontestada e universal do Papa e faz dele a fonte principal de autoridade no interior da Igreja. Face ao escândalo de uma Igreja dividida entre duas cabeças, ambas reivindicando-se como legítimas, reforça-se a corrente que confere ao concílio um papel cada vez mais importante como fonte de autoridade no interior da Igreja, mesmo, para alguns, desligado do papa e submetido à autoridade do poder do imperador cristão. Tal corrente fortalece-se após o Concílio de Constança (1414-1418), no qual a assembleia conciliar aparece como o recurso fundamental para ultrapassar o Cisma e impor a eleição de um novo e único Pontífice, que será Martinho V (1414-1425). Mas estas correntes conciliaristas acabarão por se revelar ineficazes face às dificuldades de reunir com regularidade tais assembleias, que envolviam longas e dispendiosas viagens e estadias, e de articulá-las com o próprio Papado, cujo prestígio se voltava a afirmar. Tal aparecerá bem patente no Concílio de Basileia-Ferrara-Florença-Roma (1431-1445), que se distingue também pelo reatar momentâneo da comunhão com Constantinopla e as Igrejas Orientais.

A par dos Concílios ecuménicos, continuamos a ter concílios nacionais ou provinciais, muitas vezes marcados por lógicas de oposição entre os bispos e clero e os poderes temporais. Ao nível das dioceses, os sínodos multiplicam-se, enquanto instância de reforma ou ordenamento da vida religiosa, não raro fazendo eco das disposições conciliares. Tal acontece também em Portugal, com uma dinâmica de convocação sinodal importante entre os séculos XII e XVI, em larga medida ainda por estudar.

Por último, importa recordar que esta dimensão sinodal atravessava também outras áreas da vida da Igreja, como as ordens religiosas, sobretudo aquelas que acabam por adoptar uma estrutura mais centralizada, com capítulos gerais anuais e capítulos ao nível das províncias ou custódias, em que participavam representantes das diversas casas religiosas. Do mesmo modo, os cabidos dos mosteiros e conventos, ou das igrejas catedrais, estes últimos com um papel importante, até ao século XIV, na escolha dos seus prelados, ou as muitas irmandades e confrarias que, envolvendo sobretudo o mundo dos leigos, expandem esta dimensão confraternal e de participação na vida religiosa.

Contudo, é inquestionável a evolução num sentido cada vez mais hierárquico em detrimento de uma vivência colegial, o que se consumará com o Concílio de Trento (1545-1563) e a nova arquitectura por este definida para a Igreja latina, agora de frente com a ruptura protestante e com novas configurações eclesiais que voltam a acentuar uma dimensão mais igualitária e de participação centrada na dignidade baptismal dos fiéis.